L'Université Nouvelle (UN) fut fondée à la suite d'un conflit interne à l'Université libre de Bruxelles (ULB). Cette dernière connaissait en effet quelques ennuis à cause de sa politique jugée trop conservatrice : l'affaire Dwelschauvers de 1890 participa à la création d'un groupe de dissident au sein de l'ULB et l'affaire Reclus en 1893 entama le mouvement de la création de l'UN. La première affaire avait éclatée à la suite du refus d'une thèse de doctorat par le professeur Tilberghiem, officiellement à cause d'un manque de valeur scientifique, officieusement parce que le positivisme de Georges Dwelshauvers entrait en contradiction avec le spiritualisme du professeur en question. La seconde affaire éclate à la suite de l'annulation du cours de géographie comparée d'Elisée Reclus par le conseil d'administration qui craignait des débordements par suite de l'attentat d'Auguste Vaillant à Paris le 9 décembre 1893.
Alors que le premier événement s'était relativement bien terminé (l'étudiant ayant terminé sa thèse à l'étranger), le second avait provoqué, d'un côté, une cassure plus durable au sein du monde politique libéral, désormais fortement divisé entre doctrinaire et radicaux, mais surtout des problèmes plus spécifiques à l'ULB. Le cours de Reclus, supprimé par le Conseil d'administration, fut finalement donné dans un local de la Loge des Amis Philanthropes avec le soutien de l'Extension universitaire. Pour autant, les opposants à la décision de l'ULB, voyant que leur institution ne donnait aucunement l'impression de vouloir moderniser sa façon de penser, s'organisèrent pour préparer la fondation d'une nouvelle institution d'enseignement, dont se chargera un comité composé de Paul Janson, Edmond Picard, Guillaume De Greef, Elie Lambotte, Jacques Des Cressonnières et Charles Dejongh. Un appel au public fut lancé en mars 1894 ; la location de l'ancienne maison de Théodore Verhaegen (13, rue des Minimes, à Bruxelles) commença le 3 avril ; l'Ecole Libre d'Enseignement Supérieur était fondée ; la nouvelle institution se voulait bâtie sur des bases progressistes et positivistes, ainsi que, comme son institution-mère, le libre examen. L'Université Nouvelle s'organisa rapidement afin d'offrir un enseignement qu'elle voulait novateur. En 1895, elle possédait les quatre facultés principales (Philosophie et Lettre, Sciences, Droit et Médecine) qui lui devait lui permettre de se désigner comme « Université » au sens légal des lois de 1890 et 1891, mais elle les jugeait insuffisantes pour offrir un enseignement universitaire complet. De là, l'institution développera de nombreux instituts et facultés : l'Institut des Hautes Etudes (IHEB), dès 1894, dernier reliquat de l'UN toujours en activité ; l'Institut de Fermentation de 1896 à 1911 sous la direction de Jean Effront ; l'Institut d'histoire naturelle générale des sciences, des arts et des métiers de 1897 à 1902 dont le président honorifique était Théodore Wechniakoff ; l'Institut d'Hygiène de 1897 à 1902 dirigé par Arthur Bonmariage ; l'Institut géographique de 1898 à 1919, dirigé par Elisée Reclus ; enfin, l'Ecole polytechnique de 1897 à 1899 devenant l'Institut Industrielle de 1899 à 1903, dirigé par Louis De Brouckère avec l'aide du Parti Ouvrier Belge. Du point de vue de la pédagogie, l'UN mit en avant le savoir encyclopédique face à une spécificité trop grande de certaines matières (les cours plus spécialisés se retrouvaient en général à l'Institut des Hautes Etudes).
L'Université Nouvelle n'eut que très tardivement un règlement et des statuts précisant sa structure, tout en ayant des pratiques de gestion déjà bien en place – des discussions pour mettre ces pratiques par écrit apparaissent dès 1911 et les statuts et le règlement furent approuvés en 1912. L'UN était gérée par un comité administratif (ou comité central), équivalent du Conseil d'administration de l'ULB composé du recteur, de dix membres permanents cooptés, de deux délégués élus pour deux ans par le corps professoral, du secrétaire général, de deux secrétaires de l'IHEB et du secrétaire trésorier. On y nommait les professeurs et résolvait les questions d'ordre administratifs, scientifiques et morales. Une assemblée annuelle du corps professoral servait à rendre compte aux membres de l'institution de la situation de l'UN aussi bien pour les réunions du comité administratif que celles du corps professoral, deux délégués étudiants avec voix consultative étaient élus par les étudiants.
L'UN dut se battre tout au long de son existence pour une reconnaissance légale et un droit à l'obtention d'un jury spécial qu'elle n'obtiendra que pour les facultés de Philosophie et Lettres et de Droit de 1894 à 1899 et pour toutes ses facultés de 1911 à 1914. Durant la Première Guerre mondiale, elle fut l'une des rares, si pas la seule, institution belge d'enseignement supérieur à continuer ses travaux. Rapidement après le conflit, l'Université Nouvelle entama les discussion pour sa dissolution et sa fusion avec l'Université libre de Bruxelles : l'Ecole Libre d'Enseignement Supérieur ferma ses portes en 1919, après 25 ans d'existence.
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