Edouard Bogaert fait ses humanités à l’Athénée royal de Bruxelles. Il entame ensuite des études à l’École polytechnique de l’Université libre de Bruxelles où il obtient le titre d’ingénieur des constructions civiles en 1904. Il se rend ensuite à Paris afin de suivre, durant deux années, un cursus d’ingénieur civil des constructions navales à l’École d’application du Génie militaire de France. Rentré en Belgique, il intègre l’Administration de la Marine à Ostende. Conjointement, il rédige sa thèse de doctorat intitulée : « L’effet gyrostatique et ses applications » et est reçu docteur spécial en Sciences mécaniques à l’Université libre de Bruxelles en 1912. Deux ans plus tard, il obtient le grade d’agrégé à la Faculté des Sciences appliquées.
Edouard Bogaert embrasse une carrière professorale à l’Université libre de Bruxelles dès 1912 ,lorsqu’il devient suppléant de Lucien Anspach pour le cours de « Résistance des matériaux ». En 1914, Il est proposé par l’École de Commerce comme successeur d’Albert Lecointe pour la chaire de « Technologie des transports »; il obtiendra la titularisation de cet enseignement en 1917. Quand l’armée allemande envahit la Belgique en août 1914, il reçoit l’ordre de demeurer à Bruxelles où il est chargé des payements clandestins des fonctionnaires de la Marine et du Chemin de fer. En parallèle, il participe à un groupe de réflexion dirigé par Emile Tassel relatif à la réforme des études d’ingénieur. En 1917, se sentant découvert, il décide de passer aux Pays-Bas afin de rejoindre le gouvernement mais est arrêté à la frontière. Détenu à Aix-la-Chapelle puis à Holzminden, Edouard Bogaert est libéré peu après l’armistice en 1918 .
Nommé professeur ordinaire en janvier 1919, il dispense le cours dédoublé de « Mécanique rationnelle » et celui de « Mécanique appliquée ». En 1920, il entame plusieurs séjours à l’étranger, dont un aux États-Unis, en vue d’organiser le nouveau laboratoire de mécanique Lucien Anspach, laboratoire dont il prend la direction en juillet 1921. Parallèlement, Edouard Bogaert est désigné secrétaire de la Faculté des Sciences appliquées et ce, pour trois années. Fort de son expérience et de la confiance de ses pairs, il devient titulaire de la Chaire de mécanique en 1922 ainsi que directeur à mi-temps du laboratoire de Mécanique et d’Hydraulique en 1923 et de la salle des travaux graphiques de mécanique et d’hydraulique en 1924. C’est trois ans plus tard, soit en 1927, qu’il est nommé président de la Faculté des Sciences appliquées, un mandat académique qu’il assume jusque 1930.
À la fin du mandat de Georges Smet en juillet 1932, Edouard Bogaert devient recteur de l’Université libre de Bruxelles pour trois ans. C’est durant son rectorat que sont organisées les célébrations du centenaire de l’Université. Le nouveau recteur participe également à la fondation de la cité universitaire Paul Héger sur le campus du Solbosch, au développement de l’École Supérieure d’Éducation Physique ainsi qu’à la création des bourses Robert de Breyne . Désigné pro-recteur en 1935, il assume de plus la direction du laboratoire de mécanique, hydraulique et technique de la chaleur et de la salle des travaux de mécanique. À la veille de la Seconde Guerre mondiale, il préside la commission de Sécurité et prend part à la commission pour l’étude des publications de l’Université.
En octobre 1939, le recteur Frans van den Dungen est contraint de renoncer temporairement à son mandat afin de répondre à son ordre de mobilisation. Les statuts organiques de l’Université prévoient que le recteur absent doit être remplacé temporairement par le dernier recteur sorti de charge, néanmoins celui-ci est également empêché ; Albert Dustin est en effet aux États-Unis. C’est donc à Edouard Bogaert que revient la charge de rectorat faisant-fonction durant les premiers temps de la guerre . Au retour de van den Dungen en juin 1940, Bogaert est déchargé de sa charge rectorale mais continue néanmoins à prendre une part active au fonctionnement de l’Université durant l’occupation. Il participe à la séance du Conseil d’Administration du 24 novembre 1941 qui, face aux diktats allemands, décide à l’unanimité de suspendre les cours.
Quelques jours plus tard, le 29 novembre 1941, Edouard Bogaert répond à la demande du secrétaire de l’Université de reprendre son enseignement. Dans cette lettre, il rappelle les principes fondateurs de son alma mater et dit qu’il « serait contraire à ma conscience d’apporter mon concours à une transformation de l’Université qui ne serait plus l’institution libre où j’ai été appelé à enseigner » . Quand la Gestapo vient l’arrêter pour l’incarcérer à la forteresse de Huy, l’ancien recteur n’est plus chez lui. Sérieusement malade, il est alité à l’hôpital universitaire. Présent à la réouverture de l’université en juin 1945, il dispense son enseignement durant quelques mois avant que la maladie ne finisse par l’emporter au printemps 1946.
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