Le Cercle du Libre Examen est créé le 14 janvier 1928 par un groupe d’étudiant en sciences (dont André Juliard et Lucia de Brouckère) en tant que cercle d’étude et de réflexion, afin de défendre les fondements de l’Université. Dès le début, le Cercle reçoit de nombreux encouragements de la part des étudiants et du monde académique, et Adolphe Max acceptera d’en devenir le président d’honneur. Pour susciter le débat et favoriser la prise de conscience de ses membres, le Cercle organise des conférences et des séminaires où des opinions variées et opposées se rencontrent. L’objectif étant de mettre en avant la pensée libre et l’esprit critique face au dogmatisme. Au origine du Cercle, les discussions sont davantage intellectuelles que politiques, et cherchent à définir ce qu’était pour eux le libre-examen.
C’est au cours de l’année 28/29 que la première cérémonie d’hommage à Francisco Ferrer (libre penseur espagnol) aura lieu, sous la présidence de Paul Wahl. Cet évènement deviendra par la suite un rituel du Libre Examen.
Pour les années avant la seconde guerre mondiale, le Cercle est partagé entre ceux qui veulent limiter les débats à des sujets sans controverses et mettre en avant un folklore estudiantin, et ceux qui veulent davantage de débats sérieux. En 1931, le président du Libre Examen, Léo Moulin, est arrêté en Italie fasciste pour propagande hostile, le Librex étant considéré comme une organisation subversive par le gouvernement italien. De nombreuses manifestations étudiantes auront lieu, et le recteur de l’époque ira même défendre Léo Moulin en Italie. En 1934, l’AG et le Cercle soutiennent la création d’un Comité de vigilance anti-fasciste, ce qui s’inscrit dans la politique contre le fascisme qui se développe au Librex. Le principe du libre-examen devient un principe d’engagement et de défense de la liberté de pensée. La guerre d’Espagne arrivera également au centre des préoccupations du Cercle, lorsque qu’un étudiant de l’ULB (Pierre Brachet) engagé pour la défense de la République espagnole face à Franco et la montée du fascisme mourra sur le front.
Les Cahiers du Libre Examen sont créés en 1937, avec pour objectif de donner la parole à la communauté universitaire sur des sujets thématiques d’actualité. Une autre revue sera publiée entre 1938 et 1940, Jeudi, un hebdomadaire dirigé par Jean Burgers, et qui se veut plus polémique que les Cahiers, tout en offrant plus de divertissement. En 1940, l’université ferme ses portes suite à l’occupation allemande, et plusieurs membres du Librex rejoindront la résistance, comme Jean Burgers (ancien vice-président du Cercle), qui participa à la formation du Groupe G.
Après la guerre, le Cercle reprend ses activités de débats sur des sujets d’actualité belge (question royale) et internationale (Guerre Froide, colonialisme). En 1945, le Cercle s’associe à l’AG afin de renflouer ces caisses, mais ce contrat sera rompu dans les années 50, suite à l’affaiblissement progressif de l’AG. Le Librex sera plutôt engagé contre le colonialisme, et organisera des débats sur le Congo et l’Algérie dans les années 50/60. Ce genre d’engagement lui vaudra parfois d’être jugé trop à gauche et de prendre des positions sans équivoque.
C’est également au cours des années 60 que le Cercle réforme ses statuts et change ses modalités d’adhésions. Ainsi, ses membres décident individuellement d’en faire partie, alors qu’avant, être membre d’un autre cercle impliquait de faire partie du Libre Examen. Au milieu des années 60 vient une période neutre, où les activités du Librex sont moins politisée, suite à la « motion Bruyneel » (nom du président du Cercle de Droit), qui prône la neutralité politique dans l’exercice du libre-examen.
Dans la fin des années 60 et pendant les années 70, les débats seront très internationaux, sur la Grèce, le Vietnam, le colonialisme portugais ou encore l’Apartheid. Du côté de Mai 68, le Librex ne participera pas beaucoup aux évènements, mais sera plus impliqué lors des travaux de réforme de l’université. En avril 1970 a lieu l’affaire du Cercle des Nations, un club snob qui organise alors une fête pour l’anniversaire du putsch des Colonels en Grèce, à laquelle le président du CA de l’ULB participe. Le comité du Librex participe à des actions contre le Cercle des Nations, dont l’intensité va rapidement augmenter et qui seront très violemment réprimées par la police.
Une nouvelle revue voit le jour en 1976, le Bulletin du Libre Examen. Il s’agit d’une sorte de lettre d’information destinée aux membres du Cercle, qui présente les futures conférences et initie les débats. En 2003, le Cercle réforme ses statuts et devient une asbl, condition obligatoire pour recevoir un subventionnement. Jusqu’à aujourd’hui, le Librex continue d’organiser des conférences et des activités liées à l’actualité internationale, Belge et de l’ULB.